Uno de las primeras referencias sobre él es de 1733, cuando solicitó el puesto de organista de la Sophienkirche, Dresde. En su solicitud declaraba que en los últimos tres años había sido 'clavicordista del rey' y del Príncipe polaco Sangusko. Aunque solamente eran tres los candidatos, Schaffrath no tuvo éxito y el puesto fue para Wilhelm Friedemann Bach. Sin embargo, el año siguiente, se encontraba al servicio del Príncipe de la Corona  Federico (más tarde Federico el Grande). Estaba entre los que se trasladaron con el establecimiento del príncipe de Ruppin a Rheinsberg en 1736, y luego de la ascensión al trono de Federico en 1740 se instaló como clavicordista en la Kapelle de la corte en Berlín.

Edición discográfica de obras de Christoph Schaffrath

En 1741 fue nombrado músico de la hermana del rey, la Princesa Amalia, un título que aparece en las publicaciones contemporáneas de su música y que todavía estaba usando en los años 1760. Aunque permaneció en Berlín hasta su muerte, su nombre no es incluido en el registro de la Kapelle de Marpurg (1754); esto implica que dejó la orquesta en algún momento, posiblemente después del nombramiento de 1741. Falleció a los 53 años de edad.

Como compositor Schaffrath se limitó a la música instrumental, produciendo una amplia gama de obras de cámara y orquestales. Su interés principal estuvo puesto en la música para teclado, y varias colecciones de sus sonatas (para teclado solo y teclado con instrumento melódico) se publicaron durante su vida. Casi todas las sonatas de clavicordio son en tres movimientos con la disposición normal rápido-lento-rápido.

Estilísticamente, la música de Schaffrath pertenece a la era de transición del barroco al clásico. Sus obras despliegan rasgos galantes característicos: melodías armoniosas, frases cortas, textura fina, ritmo armónico lento y figuras de tresillos ubicuas. Sin embargo, también tenía un marcado talento para el contrapunto, una habilidad claro no sólo en el movimiento de fuga ocasional (por ejemplo en su Op 2, Nº 6, segundo movimiento) sino también en la disciplinada escritura de las partes de las obras orquestales y en su uso frecuente de la imitación.